Hajdúszoboszló położone jest we wschodnich Węgrzech, we wschodniej części Wielkiej Niziny Węgierskiej, 200 km od Budapesztu i 20 km od Debreczyna.
Znajduje się ono na styku trzech krain geograficznych: Hajdúhát, Hortobágy oraz Nagy-Sárrét-Berettyó. Równinny pejzaż miasta zdobią kopce ziemne, lessowe skały oraz błotne rozlewiska, których poziom zmienia się. Dzięki usytuowaniu na Wielkiej Równinie panuje tu ciepły, suchy klimat, zarówno w okresie letnim jak i zimowym. Latem słoneczne dni zdarzają się tu wyjątkowo często, co sprzyja turystyce.
Chociaż opady nie są częste w Hajdúszoboszló, powietrze jest tu zawsze rześkie. Bezwietrzne dni można zaliczyć do rzadkości. Te korzystne warunki klimatyczne miały istotne znaczenie dla rozwoju uzdrowiska.