Hajdúszoboszló befindet sich im Osten Ungarns im östlichen Teil der Südebene, 200 km von Budapest und 20 km von Debrecen entfernt.
Topografisch genauer betrachtet befinder sich die Stadt im Gebiet des Hajdúhát, der Hortobágy, bzw. dem Nagy-Sárrét und Berettyó. Das Landschaftsbild der Stadt wird vor allem vom Flachland geprägt, welches von kleineren und größeren Erdhügeln, bzw. Löß- und Schlammgebieten abwechslungsreicher gestaltet wird und dessen Niveauhöhe sich wellenartig ändert.
Die Stadt besitzt wegen der Landschaft der Tiefebene in den Winter- und Sommermonaten immer ein warmes und trockenes Klima. Im Sommer ist die Zahl der Sonnenstunden besonders hoch, was dem Fremdenverkehr der Stadt sehr gut tut. Im Gegensatz zu den seltenen Regenfällen kann die Luftbewegung in Hajdúszoboszló ständig gespürt werden. In der Stadt herrscht nur selten Windstille. Die Entwicklung der Heilstätte wurde von diesen hervorragenden klimatischen Verhältnissen begünstigt.