A kiállítások interaktív múzeumi élményt nyújtanak. A látogatók a történeti kiállításban kézbe vehetik a hajdúk fegyvereit és írhatnak palatáblán, a Retró-kiállításban kipróbálhatnak egy „Trabant-szimulátort”, a helytörténeti kiállításban pedig felpróbálhatják a helyiek hagyományos viseleteit. Míg a művészeti kiállításokban Picasso és Chagall alkotásai, addig a Fejedelmi Kincstárban a Bocskai-korona és -jogar másolatai tekinthetők meg.
A Bocskai Múzeum Fejedelmi Kincstár nevű új épületében a hajdúkat Szoboszlóra telepítő Bocskai István erdélyi fejedelem koronájának és jogarának a nemes és hiteles másolatait tekinthetik meg a látogatók. A „Hajdúk Szent Koronája” igazi misztikus tárgy: eredete kérdéses, szerepe vitatott, tulajdonjoga tisztázatlan. Bizánci, török, vagy perzsa műhelyben is készülhetett. Ez az egyetlen korona, amellyel erdélyi fejedelmet magyar királlyá koronáztak, bár ezt csak a történészek egy része fogadja el. A Bocskai-korona az egyik legnagyobb magyar uralkodó hatalmának a jelképe volt, amitől annyira féltek a Habsburgok, hogy a fejedelem halála után Bécsbe vitették. Eredetije ma is ott található, bár mind a magyar, mind a román állam máig a saját tulajdonának tartja. Értékes másolata azonban immár Hajdúszoboszlón is megtekinthető.
A Bocskai Múzeum kertjében mezőgazdasági-történeti kiállítás tekinthető meg, mely az 1800-as évektől kezdődő folyamatos technikai fejlődést mutatja be. További egyedi látványosság az Oborzil Edit és férje Jeney Tibor alumínium harangjai, melyet hagyatékul Hajdúszoboszló városának adományoztak. A város szimbolikus harangházának harangjai is e gyűjteménynek a részei.
A több épületből álló Bocskai Múzeum főépületében az állandó kiállítás a Hajdúszoboszló történetét bemutató várostörténeti tárlat. Egyedi ritkaság a múzeumban, a Bocskai-zászló, mely a fejedelem adományaként került a hajdú vitézek birtokába és maradt meg napjainkra a Bocskai István Múzeum anyagában nagy értéket képviselve. A múlt emlékeként a zászlón látható címer fedezhető fel a „szoboszlói” hajdúk kiváltságlevelén és a mai Hajdúszoboszlói városi címeren is.
A tárlat nagyon sokszínű, melynek részeként tekinthető meg Bocskai István fejedelem festménye, mely Szűts János alkotása, továbbá használati tárgyak, harci ereklyék, illetve a város híres szülötteinek – Szép Ernő, Pávai-Vajna Ferenc – tárgyi relikviái. Egyéb érdekességként megtekinthető a hajdúsági tájra jellemző rovar és lepkegyűjtemény is a múzeumban.
A jelenleg megtekinthető kiállításokról bővebb információ a Bocskai Múzeum weboldalán található.
