Výstavy poskytují interaktivní muzejní zážitek. V historické expozici mohou návštěvníci držet zbraně hajduků a psát na břidlicovou tabulku, v retro expozici si mohou vyzkoušet „trabantí trenažér” a v expozici místní historie si mohou vyzkoušet tradiční kroje místních obyvatel. Zatímco v uměleckých expozicích jsou vystavena díla Picassa a Chagalla, v královské klenotnici jsou k vidění kopie bočské koruny a žezla.
V nové budově Bocskaiho muzea, zvané Královská klenotnice, si návštěvníci mohou prohlédnout vznešené a autentické kopie koruny a žezla sedmihradského knížete Istvána Bocskaie, který v Soboszlu usadil Hajduky. „Svatá koruna Hajduků” je skutečnou záhadou: její původ je sporný, její úloha sporná, její vlastnictví nejasné. Mohla být vyrobena v byzantských, tureckých nebo perských dílnách. Je to jediná koruna, kterou byl sedmihradský princ korunován na uherského krále, i když to uznávají jen někteří historici. Bočkajova koruna byla symbolem moci jednoho z největších uherských panovníků a Habsburkové se jí báli natolik, že ji po princově smrti odvezli do Vídně. Její originál tam zůstal dodnes, ačkoli si ji za svou stále nárokují jak maďarský, tak rumunský stát. V Hajdúszoboszló je však nyní vystavena jeho cenná replika.
V zahradě muzea Bocskai je umístěna expozice historie zemědělství, která ukazuje neustálý technický vývoj od 19. století. Další jedinečnou atrakcí jsou hliníkové zvony Edit Oborzilové a jejího manžela Tibora Jeneyho, které byly odkázány městu Hajdúszoboszló. Součástí této sbírky jsou také zvony ze symbolické městské zvonice.
V hlavní budově muzea Bocskai je stálá expozice. Hajdúszoboszló historie města. Unikátní raritou v muzeu je bocskajská vlajka, kterou kníže daroval hajduckým bojovníkům a která se dochovala v muzeu Bocskaj István. Jako připomínka minulosti se erb na vlajce nachází také na výsadním listu „szoboszló” Hajdúszoboszló Hajdú Hajdú Hajdúszoboszló a na současném znaku města Hajdúszoboszló.
Výstava je velmi pestrá, zahrnuje například obraz knížete Istvána Bocskaie od Jánose Szűtse, ale také nádobí, válečné památky a památky na slavné rodáky města - Ernő Szépa, Ference Pávai-Vajnu. K dalším zajímavým exponátům patří sbírka hmyzu a motýlů typických pro oblast Hajdúságu.
Další informace o aktuálně probíhajících výstavách najdete na adrese Muzeum Bocskai na webových stránkách.