Výstavy poskytujú interaktívny zážitok z múzea. V historickej expozícii môžu návštevníci držať v rukách zbrane hajdúchov a písať na bridlicu, v retro expozícii si môžu vyskúšať „simulátor trabanta” a v expozícii miestnej histórie si môžu vyskúšať tradičné kroje miestnych obyvateľov. Kým v umeleckých expozíciách sú vystavené diela Picassa a Chagalla, v kráľovskej klenotnici sú kópie bocskaj koruny a žezla.
V novej budove Bocskaiovského múzea, nazývanej Kráľovská klenotnica, môžu návštevníci vidieť vznešené a autentické kópie koruny a žezla sedmohradského kniežaťa Istvána Bocskaia, ktorý usadil Hajdúovcov v Soboši. „Svätá koruna Hajdúkov” je skutočnou záhadou: jej pôvod je otázny, jej úloha sporná, jej vlastníctvo nejasné. Mohla byť vyrobená v byzantských, tureckých alebo perzských dielňach. Je to jediná koruna, ktorou bolo sedmohradské knieža korunované za uhorského kráľa, hoci to akceptujú len niektorí historici. Bocskaiho koruna bola symbolom moci jedného z najväčších uhorských panovníkov a Habsburgovci sa jej tak obávali, že ju po princovej smrti odviezli do Viedne. Jej originál tam zostal dodnes, hoci maďarský aj rumunský štát si ju stále nárokujú za svoju. Jeho cenná replika je však v súčasnosti vystavená v Hajdúszoboszló.
V záhrade Bocskaiho múzea sa nachádza expozícia histórie poľnohospodárstva, ktorá ukazuje neustály technický vývoj od roku 1800. Ďalšou jedinečnou atrakciou sú hliníkové zvony Edit Oborzilovej a jej manžela Tibora Jeneya, ktoré boli odkázané mestu Hajdúszoboszló. Súčasťou tejto zbierky sú aj zvony zo symbolickej zvonice mesta.
V hlavnej budove viacpodlažného Bocskaiho múzea je stála expozícia Hajdúszoboszló história mesta. Unikátnou raritou v múzeu je bocskajská zástava, ktorú daroval knieža hajdúskym bojovníkom a ktorá sa zachovala v Múzeu Bocskaj István. Ako pripomienka minulosti sa erb na vlajke nachádza aj na výsadnom liste „szoboszló” Hajdúszoboszló Hajdú Hajdúszoboszló a na súčasnom erbe mesta Hajdúszoboszló.
Výstava je veľmi pestrá, zahŕňa obraz kniežaťa Istvána Bocskaiho od Jánosa Szűtsa, ako aj náradie, vojnové pamiatky a pamiatky slávnych rodákov mesta - Ernő Szép, Ferenc Pávai-Vajna. Medzi ďalšie zaujímavé exponáty patrí zbierka hmyzu a motýľov typických pre región Hajdúság.
Viac informácií o aktuálnych výstavách nájdete na stránke Bocskaiho múzeum na webovej stránke.
